Teritorija ir izvietojusies Vidusgaujas zemienē, Gaujas senlejas nogāzē, upes kreisajā pamatkrastā.
Dabas pieminekli veido devona dolomītu atsegums. Līdz aptuveni 5 m augstās klintis atrodas Gaujas kreisajā pamatkrastā. Dolomītu slāņkopa ieguļ monoklināli, klinšu DR daļā slāņkopa krīt uz rietumiem-ziemeļrietumiem, bet ZA daļā – uz ziemeļiem.
Aizsargājamās atsegumu joslas kopējais garums ir 125 m.
Žagatu klints ir devona dolomītu atsevišķa, pārvietota blāķa sienas atsegums Gaujas kreisajā krastā. Teritorija atrodas brahiantiklinālās Virešu struktūras ziemeļrietumu spārnā, kur citos tuvākās apkārtnes atsegumos ir sastopami Amatas un Pļaviņu svītas ieži. Ir izteikti apsvērumi, ka šis dolomīta blāķis varētu būt iegāzies senā sufozijas kritenē, taču nav izslēgts, ka klintīs redzamo struktūru izveidojis pleistocēna ledājs. Ir iespējama abu procesu iedarbība.
Dolomīti ir kavernozi un vietām redzams, ka kavernas ir izveidojušās stromatoporu fosīliju vietā. Kavernās ir sastopamas lielas kalcīta drūzas. Klinšu dienvidrietumu posmā dolomīti ir sīkgabalaini, vietām brekčijoti, kas, iespējams, var norādīt uz spēcīgu ledāja iedarbību antiklinālas vai kupolveida struktūras veidošanās laikā. Nav izslēgta arī paleokarsta procesu darbība.
Klinšu ziemeļaustrumu posma dolomīti ir biezplātņaini līdz sīkplātņaini. Dolomītu slāņiem te raksturīgs kritums ziemeļu virzienā (azimuts 356-10o), 18-26o leņķī. Vietām dolomīts ir kavernozs. Kavernu sienas ir ļoti apšķīdušas, taču vietām var noteikt gliemežu atliekas. Vietām to forma liecina par organismu detrīta klātbūtni. Vienā dolomīta plātnē, intervālā 4,2-4,3 m (10 cm biezumā), ir daudz kramu un kramotu fosiliju, kas Virešu-Vidagas apkārtnē ir raksturīgas Daugavas svītas dolomītiem.
Visticamāk šajā ģeovietā atsedzas devona Daugavas svītas nogulumi. Tie ir veidojušies seklā jūrā, kur normāla sāļuma ūdens pieplūda no austrumiem – Maskavas sineklīzes teritorijas. Par normāla sāļuma baseina esamību visticamāk liecina dolomītos sastopamās gliemežu atliekas.
Pašā pamatkrasta augšā (augstākā hipsometriskajā līmenī) vietumis ir nelieli kvartāra glacigēno nogulumu (morēnas) atsegumi.
Žagatu klints ir labi pieejama gan no upes, gan pa aizaugušu taku, kas iet gar to apakšdaļu.
Klintis ir interesantas gan dolomītu veidoto struktūru ar atšķirīgiem slāņu kritumiem, gan arī dolomītos vietām sastopamo kramu dēļ, gan arī neaizaugušais atsegums kā tāds.
Tīrās dolomītu klintis, kuru lielākajā daļā vērojams ievērojams slāņu kritums Gaujas tecējuma virzienā, rada neatkārtojamu ainavu.
Dabas pieminekļa teritorijā atrodas Eiropas Savienības aizsargājamie biotopi: upju straujteces un dabiski upju posmi (3260), sugām bagātas ganības un ganītas pļavas (6270*), palieņu zālāji (6450), karbonātisku pamatiežu atsegumi (8210), veci jaukti platlapju meži (9020*).
