Speciālā monitoringa mērķis ir sniegt informāciju par ekosistēmās notiekošiem ekoloģiskiem procesiem un organismu savstarpējām atkarībām. Kā monitoringa objekti tiek izvēlētas aizsargājamās sugas, kurām Latvijā ir Eiropas kontekstā nozīmīgas populācijas vai organismi, no kuriem tās ir atkarīgas. Tās liecina arī par citu grupu vai biotopu stāvokli, jo vairums no šīm sugām atrodas ekoloģiskās piramīdas virsotnē vai tuvu tai.
Speciālais monitorings tiek veikts arī lineārajos biotopos (upēm un jūras piekrastei), kurus reprezentatīvi nenosedz fona monitorings. Šie biotopi ir ļoti dinamiski un mainīgi gan dabisko procesu iedarbības rezultātā, gan arī milzīgās sabiedrības intereses dēļ (apbūve, rekreācija).
Speciālā monitoringa indikatori sniedz detalizētāku informāciju nekā tikai ‘skaits’ vai ‘klātbūtne’. Speciālā monitoringa indikatori ir, piemēram, sugas reprodukcijas rādītāji, demogrāfiskā struktūra, veģetācijas struktūra.