Monitoringa mērķis ir sniegt informāciju par sugu populāciju lieluma (vai relatīvā lieluma) un biotopu platību izmaiņu tendencēm valstī. Atšķirībā no Natura 2000 monitoringa, kas tiek veikts tikai īpaši aizsargājamās dabas teritorijās, fona monitorings nodrošina sugu un biotopu monitoringu, kas ir reprezentatīvs visai valsts teritorijai kopumā.
Monitorings dod datus nevis tikai par vienu sugu vai biotopu, bet gan par plašāku kompleksu vērtībām, kuru nozīmīga daļa atrodas ārpus īpaši aizsargājamajām dabas teritorijām, t.sk., Natura 2000.
Fona monitoringa rezultātā iegūtie dati par sugām un biotopiem ārpus Natura 2000 teritorijām ir nepieciešami ziņojumu sagatavošanai Eiropas Komisijai par Biotopu direktīvas pielikumos esošo sugu un biotopu stāvokli visā Latvijas teritorijā.