Atjaunināts: 05.12.2023.
Latvijā noteiktas 333 Eiropas nozīmes aizsargājamās dabas teritorijas (Natura 2000), kurās jānodrošina labvēlīgs aizsardzības statuss (t.i., jānodrošina, ka populācijas vai platības ir stabilas vai palielinās) sugām un biotopiem, kuru dēļ šīs vietas ir izvēlētas. Lai varētu pārbaudīt, vai šāds statuss tiek nodrošināts, ir jāveic šo sugu un biotopu monitorings. Taču monitoringa mērķis ir noteikt Eiropas Savienības nozīmes sugu populāciju un biotopu stāvokli un izmaiņas Natura 2000 teritorijās visā valstī kopumā. Tas nozīmē, ka visās teritorijās netiek monitorēti visi Eiropas Savienības nozīmes aizsargājamie biotopi un sugas, bet izlases veidā, tādējādi gūstot priekšstatu par to stāvokli un tendencēm Latvijas Natura 2000 teritorijās kopumā.
Natura 2000 monitoringa ietvaros Dabas aizsardzības pārvalde organizē Natura 2000 monitoringu, iegūstot datus par sugu populāciju un biotopu platību izmaiņām Natura 2000 vietās. Latvijas Hidroekoloģijas institūts organizē monitoringu Latvijas jūras piekrastes un atklātajā jūras daļā.
Natura 2000 monitoringa veikšanas gaitā iegūto informāciju par sugu populāciju un biotopu platību izmaiņām Natura 2000 vietās apkopo 6 gadu periodā. Beidzoties kārtējam sešu gadu ciklam (pašreizējais 2013.-2018.gads), tiek veiktas izmaiņas Natura 2000 datu bāzē.
Latvija pirmo ziņojumu iesniedza 2007. gadā. Monitoringa dati nepieciešami arī, lai sagatavotu ziņojumu Eiropas Komisijai par Biotopu direktīvas pielikumos esošo sugu un biotopu stāvokli, kā to paredz Biotopu direktīvas 17. pants.
Reizi sešos gados pēc Biotopu direktīvas 23. pantā paredzētā laika posma beigām dalībvalstis sagatavo ziņojumu par to pasākumu īstenošanu, kas veikti saskaņā ar šo direktīvu. Šajā ziņojumā iekļauj informāciju par Biotopu direktīvas 6. panta 1. punktā minētajiem aizsardzības pasākumiem, kā arī novērtējumu par to, kāda ir šo pasākumu ietekme uz I pielikuma dabisko biotopu veidu un II pielikuma sugu aizsardzības statusu, un iekļauj 11. pantā minēto uzraudzības pasākumu galvenos rezultātus. Ziņojumu, kas sagatavots atbilstoši komitejas izstrādātai formai, nosūta Eiropas Komisijai un dara publiski pieejamu.
Monitoringa ietvaros tiek reģistrētas visas Putnu direktīvas I pielikuma sugas un Biotopu direktīvas I pielikuma biotopi un II, V pielikuma sugas, par katru no vienībām (suga vai biotops Natura 2000 vietā) aizpildot anketu.
Visus objektus (sugas un biotopus) paredzēts monitorēt vismaz vienu reizi 6 gadu ciklā. Būtiska atkāpe ir attiecībā uz migrējošiem putniem un zīdītājiem (sikspārņiem), jo, veicot novērojumus vienu reizi 6 gados, var iegūt neraksturīgi augstus vai zemus populāciju vērtējumus. Tāpēc šie parametri būtu jāmēra biežāk nekā reizi 6 gadu periodā, un Natura 2000 datu bāzē jāuzrāda minimālie un maksimālie rādītāji visā 6 gadu ciklā.
Dati par sugām un biotopiem vajadzīgi ne tikai Biotopu direktīvas ziņojuma sagatavošanai un Natura 2000 datu bāzes aktualizēšanai, bet arī starptautisko konvenciju (Bernes, Bonnas, Riodežaneiro, Ramsāres, Vašingtonas) saistību izpildei.
Bioloģiskās daudzveidības monitorings nepieciešams arī nacionālajām vajadzībām - vides stāvokļa un vides aizsardzības pasākumu efektivitātes novērtēšanai un sabiedrības informēšanai par vides stāvokli.
2013.-2018.gada Natura 2000 vietu monitoringa datu izvērtējums tiks sagatavots un publiskots 2020. gada pirmajā pusē.