Silabebru ezers ir nozīmīga ūdensputnu (melnais zīriņš, lielais dumpis, Seivi ķauķis u.c.) ligzdošanas vieta un nozīmīga aizsargājamās augu sugas - lēzeļa lipares atradne, kā arī nozīmīgs ES aizsargājamais biotops -mezotrofa ūdenstilpe, kas ir Austrumlatvijā ļoti reti sastopams biotopu komplekss. Aizsargājamā teritorija izveidota, lai nepieļautu šīs vietas pārveidošanu un ūdens režīma pielāgošanu saimnieciskajām interesēm, kas negatīvi ietekmētu aizsargājamo putnu sugu ligzdošanu un augu atradnes.
