Aizsargājamas 10 Rušonu ezera salas. To lielākā vērtība - platlapju meži, kas klāj daļu no salu platības. No Latvijā un Eiropā aizsargājamām augu sugām sastopamas - lielziedu uzpirkstīte, mieturu hidrilla, gada staipeknis, vālīšu staipeknis, ūdeņu ērkšķuzāle.