Teritorija ir izvietojusies Vidusgaujas zemienē, Trapenes līdzenumā, Vaidavas senlejā, upes kreisajā krastā.
Dabas pieminekli veido devona (domājams, augšējā devona Amatas svītas) smilšakmeņu atsegumi, kas kopumā veido 2 lielas kraujas, 5 atsevišķi avoti un vairākas avotainas vietas, 4 nišas.
Atsegumi atrodas Vaidavas kreisā pamatkrasta posmā 440 m garumā, t. sk. Vecās Raganu klintis dabas pieminekļa austrumu daļā (70 m) un Jaunās Raganu klintis - rietumu daļā (84 m). Klinšu augstums ir līdz 10 m. Austrumu galā esošajā atsegumā no 1,7 m augstas, 2,5 m platas un 1,6 m dziļas nišas iztek Acu avots. Vidējā atsegumā arī no nišas izplūst avots. Tas veido 20 cm augstu ūdenskritumu pār smilšakmens klinšu apakšējo daļu.
Starp Vecajām un Jaunajām Raganu klintīm ir atsevišķs avots, kas, pamatojoties uz vēsturiskiem datiem, ir nosaukts par Veselības avotu. Tas ir labiekārtots, ūdens tek pa koka reni.
Gaišu un sārtu smilšakmeņu vertikālās sienas, kas atrodas tieši Vaidavas krastā, ar kokiem virs klintīm ir ļoti ainaviskas.
Atsegumu smilšakmeņos dominē muldveida slīpslāņojums ar sēriju biezumu līdz 20 cm, retāk 50 cm, Jaunajās klintīs griezuma apakšdaļā 2 m biezā slāņkopā uz dienvidiem krīt gan sēriju šuves (pat 10 o leņķī), gan slīpie slānīši. Iespējams, tā ir piegultnes sēre. Vietām smilšakmeņos ir izsekojami māla saveltņi, citviet plūdmaiņu tekstūras. Amatas svītas nogulumi ir veidojušies plūdmaiņu ietekmēta estuāra ietekmē. Par plūdmaiņu procesu ietekmi uz nogulumiem liecina dabas pieminekļa teritorijā sastopamajos atsegumos izplatītās tekstūras.
Būtisks ir jautājums par Raganu klintīs atsegto smilšakmeņu ģeoloģisko vecumu. Atbilstoši ģeoloģiskās kartēšanas mērogā 1:200 000 datiem, Raganu klintīs ir sastopami augšējā devona Amatas svītas nogulumi, netālu no tās atrodas Pļaviņu svītas kontakta. Tomēr, atsegtie smilšakmeņi nav tipiski Amatas svītas veidojumi, jo tajos praktiski nav vērojamas mālainas un vizlainas kārtiņas uz slīpajiem slānīšiem, kā arī šo kārtiņu veidotās kopas – plūdmaiņu pazīmes. Smilšakmeņi pārsvarā ir smalkgraudaini, kas raksturīgi Amatas svītai, taču vietām sastop ne tik tipiskus vidējgraudainus smilšakmeņus. Smilšakmeņos ir vērojami slīpie slānīši ar ritmiski mainīgiem drupu graudu izmēriem, pie tam to sadalījumā vērojamas kopas („bundles”), kas atgādina vizlainā un mālainā materiāla sadalījuma tendences. Precīzai nogulumu ģeoloģiskā vecuma noskaidrošanai ir nepieciešami paleontoloģiskie pētījumi, kuri pagaidām nav tikuši veikti.
Dabas pieminekļa teritorijā atrodas Eiropas Savienības aizsargājamie biotopi: smilšakmens atsegumi (8220), upju straujteces un dabiski upju posmi (3260), mēreni mitras pļavas (6510).
Raganu klintis ir populārs tūrisma objekts, bet avoti tiek izmantoti ūdens ņemšanai.
